內蒙古自治區地震局設下列內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、信息、檔案、機要密碼、安全、保密、信訪、政務公開、新聞宣傳、重大政策研究、重要文件起草等工作。
（二）監測預報與科技處。負責地震監測、預警、預報、信息化、地震計量和臺站管理等工作，負責組織震情監視跟蹤、重大活動地震安全保障等工作，牽頭建立防震減災信息管理系統，統一震情、災情和風險發布；組織指導防震減災科學技術研究和成果轉化；承擔外事工作。
（三）震害防御與應急處（公共服務處）。負責地震災害風險調查、評估和防治工作；負責建設工程抗震設防和地震安全性評價管理工作；負責編制內蒙古自治區地震局地震應急預案，指導地震系統應急預案修編、培訓和演練；負責地震應急協調聯動機制建設；組織開展全區地震系統應急檢查、應急準備和應急響應工作；負責地震現場應急響應服務的組織與協調工作；組織開展地震現場災情收集、災害快速評估、烈度評定、科學考察與災害損失調查評估等地震現場工作和地震災害損失預評估工作；參與制定地震災后恢復重建規劃；負責組織防震減災公共服務，組織指導和規范社會力量參與防震減災，指導防震減災知識宣傳和法制教育；指導市、縣防震減災工作；起草防震減災地方法規規章及標準草案，負責行政執法工作組織和監督檢查，承擔規范性文件和重大行政決策合法性審查工作；承擔地震行政復議、行政訴訟工作。
（四）規劃財務處。負責組織內蒙古自治區防震減災規劃編制；負責內蒙古自治區地震局規劃、預算、決算、財務、基本建設和國有資產管理等工作；承擔新時代防震減災事業現代化建設領導小組辦公室日常工作。
（五）人事教育處（離退休干部辦公室）。負責干部人才隊伍建設、人事管理、機構編制、教育培訓、工資福利和干部監督等工作；負責離退休干部管理和服務工作。
（六）機關黨委。負責黨建、統戰、群團、審計等工作。
（七）紀檢室。負責紀檢工作。
內蒙古自治區地震局設下列事業單位
（一）內蒙古地震臺。為公益一類事業單位，負責地震監測預報業務，承擔地震速報、預報、預警工作，產出和對外發布地震監測預報專業產品信息；負責地震監測站網設計、評估和優化工作；承擔觀測系統建設和技術系統運行保障等工作。
（二）內蒙古自治區震災風險防治中心（內蒙古自治區地震工程研究勘察院）。為公益二類事業單位，承擔地震災害風險調查、評估、防治等工作；承擔地震災害損失預評估，承擔震后烈度評定、損失評估、科學考察等工作；承擔區域地震安全性評價、活動斷層探察、地震區劃、災害隱患監測等地震安全技術服務和科技成果轉化等工作。
（三）內蒙古自治區地震局信息中心（應急服務中心）。為公益一類事業單位，承擔防震減災業務應用平臺、政務信息化支撐系統的建設開發工作，承擔地震信息網絡建設運維，承擔公共服務平臺建設運維，負責網絡安全工作；承擔新聞、科普、法治宣傳教育等工作；承擔地震科學數據管理與運維、檔案、圖書、信息服務、機要保密等工作；承擔應急技術系統建設管理、地震災情快速獲取和應急指揮輔助決策等工作。
（四）內蒙古自治區地震局財務與國有資產管理中心（后勤服務中心）。為公益一類事業單位，承擔財務核算、政府采購、國有資產財務和實物管理工作；承擔地震應急車輛、物資保障和管理；承擔后勤服務、安全管理及綜合治理、重大項目實施等工作。
（五）內蒙古自治區地震防災減災中心。公益一類事業單位。承擔自治區自然災害的綜合研究和動態跟蹤，提供災情信息快報服務，開展重大工程的微振動監測預警，形成具有區域特色、多災種相結合的災害監測預警與防范科技支撐能力，推動關鍵技術、信息服務和儀器裝備的標準化和產業化。
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